幅止め筋のようなフックが付いた鉄筋も計測できるのでしょうか。

計測可能です。

幅止め筋のようなフックが付いた鉄筋の場合、幅止め筋部分も検知されてマーカーが表示される可能性はありますが、画面操作にてマーカーを削除可能です。

不要なマーカーを削除することにより、計測対象となる配筋に必要なピッチ間隔のみ表示可能です。