径の異なる複数の鉄筋を使用している場合、個別に鉄筋径を設定したうえで鉄筋間隔の計測を行うことができますか？

可能です。BAIASでは鉄筋径が異なる配筋においても計測を行い、工事写真として保存することが可能です。