重ね継手(鉄筋が横に2重になる箇所)の計測は可能ですか？

２点間計測機能により計測可能です。
画面上の2点（重ね継手部分）を指定することにより、２点間の距離を画面に表示します。

参考）技術ブログ 

配筋検査ARシステムBAIAS®に2点間計測機能を追加！